La struttura architettonica della chiesa, di impronta tardogotica, si distingue per la presenza di una navata centrale e quattro cappelle laterali poligonali, coperte da cinque volte a crociera.
Fondata — secondo la leggenda — nel 1421 dall’eremita Giovanni Battista da Gubbio insieme ad alcuni compagni che abbracciarono la regola agostiniana, fu inizialmente intitolata a Santa Maria Novella.
Nel XVII secolo, vi furono trasferite le monache silvestrine di San Benedetto (oggi Sant’Erminio). Da allora la chiesa, sottoposta a numerosi interventi di ristrutturazione, assunse il nome di San Benedetto Novello o San Benedetto dei Condotti, per la sua vicinanza all'antico acquedotto.
Il monastero annesso, soppresso nel 1820, è oggi sede dell’ADISU.
La chiesa, caratterizzata da un transetto a più absidi, conserva un pregevole pavimento in maiolica di Deruta del Cinquecento e affreschi di ambito tardogotico, vicini all’ambiente marchigiano e alla maniera di Ottaviano Nelli.
Tra le opere un tempo presenti vi erano anche una Madonna con Bambino e santi di Lello da Velletri e una Crocifissione di Lorenzo Salimbeni, oggi custodite presso la Galleria Nazionale dell’Umbria.
